Пеганка очень редко встречается по всему югу Восточной Сибири. В Даурии это обычный гнездящийся вид и многочисленный на линных скоплениях на озерах Зун-Торей и Барун-Торей. Редко гнездится вблизи соленых озер в Агинском Бурятском автономном округе, на степных равнинах Приононья и Борзи.
Массовый пролет пеганок начинается со второй декады апреля и продолжается до конца месяца. Днем птицы кормятся на мелководьях, на косах островов. Численность пеганок во время сезонных миграций значительна, в зависимости от гидрологического режима озер и кормовых условий достигает 9 тысяч особей. На Торейских озерах гнездятся от 200 до 1000 пар. Гнезда птицы устраивают далеко от водоема в старых норах лисиц, барсуков, тарбагана, в заброшенных строениях, на глинистых и песчаных обрывах, под камнями, в скальных нишах. Лоток выстилают осокой, перьями, пухом. Яйца откладывают в первой или во второй декаде мая. В кладке 8 —12 яиц кремового цвета. Самка начинает насиживать их в конце кладки. Появившийся выводок родители сразу уводят на озера, где утята начинают самостоятельно кормиться. Питаются пеганки водными насекомыми, рачками, саранчой, водорослями, семенами злаков. Родители активно защищают кладку и птенцов от хищников. Врагами пеганок являются степной хорь, лисица, корсак, кот-манул, а в период роста выводка на водоемах — полевой и болотный луни, серебристая чайка.
Гнездование и массовые скопления пеганок на юго-востоке Читинской области взяты под охрану республиканского Цасучейско-Торейского заказника.