Распространен в России довольно широко, но неравномерно, в Восточной Сибири в области Байкальской впадины, Витимского плоскогорья, по всему юго-западному и юго-восточному Забайкалью. В Даурии гнездится по широким долинам рек, по разливам, старицам, берегам озер, заросшим тростником, рогозом, камышом, осокой. Численность вида всюду невысокая.
Прилетают птицы в первой декаде мая. Время активного токования начинается в конце мая и продолжается до конца июня. Погоныш-крошка ведет скрытный образ жизни, но особенно осторожен в период гнездования. Вспугнуть его можно только в том случае, если маршрут проходит через гнездовой участок. Потревоженная птица обычно пролетает 5—10 метров, опускается в траву и исчезает в зарослях.
Гнезда устраивает в осоковых кочках или на сплавинах среди тростника и рогоза рядом с мелководьем и чистым плесом. Гнездо представляет собой рыхлую постройку из сухих стеблей растений. В полной кладке 7—9 желтовато-серых яиц с рыжеватыми пятнами. Кладка заканчивается в третьей декаде июня. Птенцы появляются во второй декаде июля.
Погоныш-крошка питается различными мелкими насекомыми и семенами травянистых растений. При кормежке искусно бегает по плавучим стеблям тростника, листьям или просто по поверхности воды, делая широкие быстрые шаги и часто махая крыльями.
Осенний отлет птиц начинается со второй декады августа, но последние встречи с ними наблюдаются еще в конце сентября.